MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Methanocaldococcus sp. FS406-22 plasmid pFS01

Total Repeats: 223

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013888	T	6	6	446	451	0 %	100 %	0 %	0 %	289193302
2	NC_013888	ATT	2	6	482	487	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	289193302
3	NC_013888	ACA	2	6	502	507	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	289193302
4	NC_013888	CAATGG	2	12	513	524	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	289193302
5	NC_013888	T	6	6	526	531	0 %	100 %	0 %	0 %	289193302
6	NC_013888	AAC	2	6	607	612	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	289193302
7	NC_013888	ATTCT	2	10	624	633	20 %	60 %	0 %	20 %	289193302
8	NC_013888	GTT	2	6	648	653	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	289193302
9	NC_013888	ATA	2	6	696	701	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289193302
10	NC_013888	TAAG	2	8	787	794	50 %	25 %	25 %	0 %	289193302
11	NC_013888	TAT	2	6	811	816	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	289193302
12	NC_013888	TCAT	2	8	851	858	25 %	50 %	0 %	25 %	289193302
13	NC_013888	T	6	6	2435	2440	0 %	100 %	0 %	0 %	289193303
14	NC_013888	TC	3	6	2471	2476	0 %	50 %	0 %	50 %	289193303
15	NC_013888	ATA	2	6	2494	2499	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289193303
16	NC_013888	T	6	6	2530	2535	0 %	100 %	0 %	0 %	289193303
17	NC_013888	AT	3	6	2550	2555	50 %	50 %	0 %	0 %	289193303
18	NC_013888	A	6	6	2556	2561	100 %	0 %	0 %	0 %	289193303
19	NC_013888	AGGAA	2	10	2576	2585	60 %	0 %	40 %	0 %	289193303
20	NC_013888	A	6	6	2634	2639	100 %	0 %	0 %	0 %	289193303
21	NC_013888	TCA	2	6	2640	2645	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	289193303
22	NC_013888	AAC	2	6	2657	2662	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	289193303
23	NC_013888	TCT	2	6	2700	2705	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	289193303
24	NC_013888	T	6	6	2705	2710	0 %	100 %	0 %	0 %	289193303
25	NC_013888	T	6	6	2714	2719	0 %	100 %	0 %	0 %	289193303
26	NC_013888	ATTA	2	8	2733	2740	50 %	50 %	0 %	0 %	289193303
27	NC_013888	CTT	2	6	2793	2798	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	289193304
28	NC_013888	AATCC	2	10	2823	2832	40 %	20 %	0 %	40 %	289193304
29	NC_013888	CTA	2	6	2838	2843	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	289193304
30	NC_013888	T	6	6	2888	2893	0 %	100 %	0 %	0 %	289193304
31	NC_013888	TGT	2	6	2924	2929	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	289193304
32	NC_013888	T	6	6	2983	2988	0 %	100 %	0 %	0 %	289193304
33	NC_013888	TCT	2	6	3003	3008	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	289193304
34	NC_013888	ATA	2	6	3127	3132	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289193304
35	NC_013888	T	6	6	3146	3151	0 %	100 %	0 %	0 %	289193304
36	NC_013888	TCT	2	6	3157	3162	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	289193304
37	NC_013888	A	6	6	3163	3168	100 %	0 %	0 %	0 %	289193304
38	NC_013888	CAT	2	6	3207	3212	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	289193304
39	NC_013888	TGT	2	6	3219	3224	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	289193304
40	NC_013888	T	6	6	3224	3229	0 %	100 %	0 %	0 %	289193304
41	NC_013888	TGAT	2	8	3243	3250	25 %	50 %	25 %	0 %	289193304
42	NC_013888	TA	3	6	3336	3341	50 %	50 %	0 %	0 %	289193304
43	NC_013888	ACA	2	6	3398	3403	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	289193304
44	NC_013888	TTCA	2	8	3427	3434	25 %	50 %	0 %	25 %	289193304
45	NC_013888	CTTTG	2	10	3472	3481	0 %	60 %	20 %	20 %	289193304
46	NC_013888	CTT	2	6	3555	3560	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	289193304
47	NC_013888	T	6	6	3671	3676	0 %	100 %	0 %	0 %	289193304
48	NC_013888	TGT	2	6	3679	3684	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	289193304
49	NC_013888	TTTGC	2	10	3701	3710	0 %	60 %	20 %	20 %	289193304
50	NC_013888	TTA	2	6	3807	3812	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	289193304
51	NC_013888	CCT	2	6	3828	3833	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	289193304
52	NC_013888	C	6	6	3858	3863	0 %	0 %	0 %	100 %	289193304
53	NC_013888	TTC	2	6	3904	3909	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	289193304
54	NC_013888	TCT	2	6	3970	3975	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	289193304
55	NC_013888	TAT	2	6	5394	5399	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	289193305
56	NC_013888	TAC	2	6	5438	5443	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	289193305
57	NC_013888	TA	3	6	5497	5502	50 %	50 %	0 %	0 %	289193305
58	NC_013888	TAT	2	6	5508	5513	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	289193305
59	NC_013888	A	8	8	5543	5550	100 %	0 %	0 %	0 %	289193305
60	NC_013888	TAT	2	6	5715	5720	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	289193306
61	NC_013888	AT	3	6	5728	5733	50 %	50 %	0 %	0 %	289193306
62	NC_013888	CCTA	2	8	5764	5771	25 %	25 %	0 %	50 %	289193306
63	NC_013888	AAAG	2	8	5773	5780	75 %	0 %	25 %	0 %	289193306
64	NC_013888	TAA	2	6	5813	5818	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289193306
65	NC_013888	TAG	2	6	5825	5830	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	289193306
66	NC_013888	AGG	2	6	5837	5842	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	289193306
67	NC_013888	ACA	2	6	5900	5905	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	289193306
68	NC_013888	CATT	2	8	5906	5913	25 %	50 %	0 %	25 %	289193306
69	NC_013888	A	7	7	5922	5928	100 %	0 %	0 %	0 %	289193306
70	NC_013888	TTA	2	6	5972	5977	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	289193306
71	NC_013888	ATG	2	6	6008	6013	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	289193306
72	NC_013888	TGA	2	6	6024	6029	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	289193306
73	NC_013888	TGT	2	6	6111	6116	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	289193306
74	NC_013888	TGAT	2	8	6185	6192	25 %	50 %	25 %	0 %	289193306
75	NC_013888	ATT	2	6	6215	6220	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	289193306
76	NC_013888	ATT	2	6	6233	6238	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	289193306
77	NC_013888	ATT	2	6	6246	6251	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	289193306
78	NC_013888	TAT	2	6	6262	6267	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	289193306
79	NC_013888	GTT	2	6	6298	6303	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	289193306
80	NC_013888	TG	3	6	6305	6310	0 %	50 %	50 %	0 %	289193306
81	NC_013888	TAA	2	6	6336	6341	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289193306
82	NC_013888	TAA	2	6	6360	6365	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289193306
83	NC_013888	GTA	2	6	6367	6372	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	289193306
84	NC_013888	T	6	6	6481	6486	0 %	100 %	0 %	0 %	289193306
85	NC_013888	A	6	6	6489	6494	100 %	0 %	0 %	0 %	289193306
86	NC_013888	GAA	2	6	6550	6555	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	289193306
87	NC_013888	ATTG	2	8	6573	6580	25 %	50 %	25 %	0 %	289193306
88	NC_013888	TA	3	6	6607	6612	50 %	50 %	0 %	0 %	289193306
89	NC_013888	AG	3	6	6620	6625	50 %	0 %	50 %	0 %	289193306
90	NC_013888	TGT	2	6	6626	6631	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	289193306
91	NC_013888	GTT	2	6	6727	6732	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	289193306
92	NC_013888	GAG	2	6	6748	6753	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	289193306
93	NC_013888	AAG	2	6	6781	6786	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	289193306
94	NC_013888	AGGA	2	8	6817	6824	50 %	0 %	50 %	0 %	289193306
95	NC_013888	TAT	2	6	6836	6841	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	289193306
96	NC_013888	AGAT	2	8	6843	6850	50 %	25 %	25 %	0 %	289193306
97	NC_013888	A	7	7	6882	6888	100 %	0 %	0 %	0 %	289193306
98	NC_013888	ACA	2	6	6900	6905	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	289193306
99	NC_013888	G	6	6	6911	6916	0 %	0 %	100 %	0 %	289193306
100	NC_013888	A	6	6	6919	6924	100 %	0 %	0 %	0 %	289193306
101	NC_013888	AAGA	2	8	6993	7000	75 %	0 %	25 %	0 %	289193306
102	NC_013888	TAA	2	6	7017	7022	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289193306
103	NC_013888	AGA	2	6	7073	7078	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	289193306
104	NC_013888	TGTA	2	8	7143	7150	25 %	50 %	25 %	0 %	289193306
105	NC_013888	TGA	2	6	7152	7157	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	289193306
106	NC_013888	TAC	2	6	7179	7184	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	289193306
107	NC_013888	AGG	2	6	7227	7232	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	289193306
108	NC_013888	CTTT	2	8	7263	7270	0 %	75 %	0 %	25 %	289193306
109	NC_013888	TAA	2	6	7461	7466	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289193306
110	NC_013888	AGATT	3	15	7469	7483	40 %	40 %	20 %	0 %	289193306
111	NC_013888	A	6	6	7582	7587	100 %	0 %	0 %	0 %	289193306
112	NC_013888	A	6	6	7615	7620	100 %	0 %	0 %	0 %	289193306
113	NC_013888	GCAAAA	2	12	7675	7686	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	289193306
114	NC_013888	TGT	2	6	7695	7700	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	289193306
115	NC_013888	AGG	2	6	7718	7723	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	289193306
116	NC_013888	AAT	2	6	7797	7802	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289193306
117	NC_013888	TAG	2	6	7812	7817	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	289193306
118	NC_013888	AGA	2	6	7854	7859	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	289193306
119	NC_013888	TGA	2	6	7896	7901	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	289193306
120	NC_013888	GAA	2	6	7918	7923	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	289193306
121	NC_013888	TGA	2	6	7986	7991	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	289193306
122	NC_013888	ATATA	2	10	8017	8026	60 %	40 %	0 %	0 %	289193306
123	NC_013888	AT	3	6	8095	8100	50 %	50 %	0 %	0 %	289193307
124	NC_013888	GTT	2	6	8103	8108	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	289193307
125	NC_013888	GAA	2	6	8130	8135	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	289193307
126	NC_013888	ATG	2	6	8150	8155	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	289193307
127	NC_013888	GTT	2	6	8158	8163	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	289193307
128	NC_013888	TAA	2	6	8168	8173	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289193307
129	NC_013888	GA	4	8	8182	8189	50 %	0 %	50 %	0 %	289193307
130	NC_013888	GAT	2	6	8209	8214	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	289193307
131	NC_013888	CTA	2	6	8231	8236	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	289193307
132	NC_013888	GGA	2	6	8256	8261	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	289193307
133	NC_013888	A	6	6	8261	8266	100 %	0 %	0 %	0 %	289193307
134	NC_013888	GGA	2	6	8277	8282	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	289193307
135	NC_013888	ATA	2	6	8303	8308	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289193307
136	NC_013888	CTTATG	2	12	8369	8380	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	289193307
137	NC_013888	GGA	2	6	8479	8484	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	289193308
138	NC_013888	ATA	2	6	8526	8531	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289193308
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.